A segurança criptográfica do chip foi reforçada com a alteração do algoritmo de cifra dos certificados digitais, tanto no acesso com contacto como no acesso sem contacto.
O novo Cartão de Cidadão é aceite como documento de viagem dentro da União Europeia e nos países do espaço Schengen. Nos pórticos de embarque dos aeroportos destes países é possível utilizar o cartão por contactless para validar a identidade.
O novo cartão permite ainda utilizar as funcionalidades eletrónicas de autenticação e assinatura digital nos leitores NFC contactless. O acesso por interface sem contacto requer o código CAN, o número de seis dígitos impresso na frente do cartão, e o respetivo PIN.
A leitura da informação do cartão continua a estar protegida por 3 PINs de segurança: o PIN de autenticação, o PIN de assinatura digital qualificada e o PIN de acesso à informação da morada. Estes códigos constam da carta PIN e podem ser alterados pelo cidadão na aplicação Autenticação.Gov.